新疆维吾尔自治区目前有自治区级以上自然保护区29个，占新疆国土总面积的11.82%。2018年，新疆林业和草原局自觉把中央环境保护督察反馈意见整改落实作为检验局领导班子政绩观、发展观的重要实践，集中治理了喀纳斯保护区、塔里木胡杨林保护区、卡拉麦里山保护区、天池博格达峰保护区等22个自然保护区存在的突出问题，确保了中央决策部署在新疆落地生根。
新疆自治区林业和草原局按照中央环保督察反馈的自然保护区问题清单和整改方案，“对表”“对标”“对账”，不遮掩、不回避、不推脱，本着有什么问题就整改什么问题、什么问题突出就着力整改什么问题、老问题和新问题一起改、大问题小问题都不放过、问题不解决决不收兵的思想，制定了《中央环境保护督察反馈意见整改方案》《林业系统自然保护区设置不科学、不规范问题整改方案》《林业系统自然保护区内违法违规问题整改方案》，确定了一个问题、一套措施、一名责任人、一套整改方案的整改清单，明确整改目标、整改时限、整改要求、整改责任，确保每一个问题都一抓到底，每一条意见都全面落实。目前已清理包括卡拉麦里山保护区在内的探矿权、采矿权528个，拆除油井及相关设施360处，拆除违法违规建筑设施900余处，确保了整改事项件件有着落，事事有回音。
在整改中，新疆坚持举一反三，标本兼治，从源头完善制度堵塞漏洞，修改完善了自治区自然保护区条例，制定了林业自然保护区保护管理考核办法，修订了卡拉麦里山有蹄类野生动物自然保护区管理条例，制定了自治区重要湿地确认办法、湿地公园管理办法等制度，着力构建自然保护区建设管理的长效机制。
